В соответствии с Указом Президента РФ от 9 марта 2004 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» в систему федеральных органов исполнительной власти входят федеральные министерства, федеральные службы и федеральные агентства. Указом Президента РФ от 24 сент. 2007 «Вопросы структуры федеральных органов исполнительной власти» установлено, что в систему федеральных органов исполнительной власти входят и государственные комитеты. Функции Ф. о. и. в., руководство деятельностью которых осуществляет Президент РФ, определяются указом Президента РФ, функции Ф. о. и. в., руководство деятельностью которых осуществляет Правительство РФ, — постановлением Правительства РФ.
В соответствии с ст. 78 Конституции РФ Ф. о. и. в. для осуществления своих полномочий могут создавать свои территориальные органы и назначать соответствующих должностных лиц. Ф. о. и. в. по соглашению с органами исполнительной власти субъектов РФ могут передавать им осуществление части своих полномочий, если это не противоречит Конституции РФ и федеральным законам.